За считанные дни до кончины, наступившей 27 января 1732 года, он заключил с Гончаровым и Щепочкиным контракт о совместном владении компанией с паевым взносом от первого в пятнадцать, от второго в пять тысяч рублей. Екатерина I указом повелела компаньонам «выпускать картузную, оберточную, нижную и писчую бумагу», «какая может в действо произойти и была бы против заморской», и «ту бумаги и те полотна отпускать за море».
В 1735 году Гончаров и Щепочкин разделили фабричное имущество. Тремя годами позже Афанасий Абрамович подал в Сенат прошение «записать… приписанных к его фабрике крестьян вечно», так как «те фабрики приведены в такое доброе содержание, что парусные плотна продаются в заморский отпуск с немалою похвалой, а бумага в Россию с немалою пред другими фабриками убавкою».
27 марта 1739 года Сенат удовлетворил просьбу Гончарова. В 1742 году он пожалован титулом «коллежского асессора рангом майорским» с правом на потомственное дворянство и покупку вотчины с крепостными. Крепкий хозяин расширял дело в соответствии с конъюнктурой. Бумага Полотняно-Заводской фабрики заслуженно считалась одной из лучших в России. Почетный и выгодный подряд на поставку бумаги в Синодальную типографию стремились получить многие владельцы бумажных мануфактур. Поставка Гончаровыми бумаги в московскую Синодальную типографию продолжалась до 1807 года, то есть около 35 лет.
В 1775 году императрица Екатерина II, довольная качеством продукции, разрешила именовать мануфактуру «поставщиком двора ее Императорского величества». На писчей бумаге Гончарова появились водяные знаки, медали и почетное звание фабриканта.
На этой, крупнейшей из 14 бумажных фабрик Калужской губернии, трудились более 850 человек, включая крестьян, отбывавших барщину. Оборудование состояло из 20 черпальных чанов, 19 роллов и 6 громадных мельничных колес. Кроме производственных корпусов, предприятие включало большой господский дом, церковь
Спаса Преображения, конный и скотный дворы, амбары, плотины, регулярный и пейзажный парки.
Основными специальностями рабочих мануфактуры были подмастерья (для сортировки, мытья и рубки тряпья); решетчики (для очистки тряпья и ветоши); рольщики (для работы на роллах); шкепоры (черпальщики бумаги); суконщики (для прокладки мокрых листов бумаги сукном); раздувальщики и сымальщики (для просушки бумаги); клеельщики (для проклейки); литейные мастера (для ремонта и изготовления инструментов); рабочие для привоза и разгрузки тряпья, беления, прессования, обрезки, окрашивания бумаги, формирования и упаковки стоп готовой бумаги, варки клея и краски.
Жизнь фабричного люда строго регламентировалась. Трудовой день продолжался 14−16 часов, что порой вызывало протесты работников. Владельцу в 1752 году пришлось пожаловаться калужскому губернатору. Прибывшую для усмирения недовольных полицейскую команду крестьяне встретили с оружием. Только при помощи артиллерийских полков удалось добиться их повиновения. Рабочие одной из лучших ярославских фабрик — заведенной в 1722 году мануфактуры Яковлевых — тоже не раз посылали в Петербург ходоков с жалобой на низкую заработную плату и наказания. Споры владелицы Красносельской фабрики помещицы Полторацкой с рабочими приводили к приостановке производства.
В конце жизни предусмотрительный Афанасий Абрамович превратил полотняный завод и бумажную фабрику с поместьями в майорат — неделимое имение, передаваемое старшему в роде. Такое наследство досталось его сыну Николаю Афанасьевичу, а затем внуку, надворному советнику Афанасию Николаевичу — деду супруги Александра Пушкина.